Некий научный Акселератор

Спин-офф аниме «Научный Рейлгун» фокусируется на персонаже Акселераторе, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. В начале сюжета Акселератор восстанавливается после полученных травм и потери значительной части способностей, что стало следствием спасения девочки по имени «Последний заказ». Несмотря на потребность в отдыхе, его покой нарушается необходимостью помочь другой девушке, которая находится в опасности и имеет при себе фотографию юного клона Мисаки.

Ситуация осложняется, когда выясняется, что за похищением этой девушки, Эстель Розенталь, стоит организация «Дисциплинарное Наказание». Эта группа рассматривает всех эсперов как зло, подлежащее уничтожению. Для реализации своих целей члены организации используют нестандартное оружие: тела погибших магов, помещённые в управляемые роботизированные скафандры.

По мере того как «Дисциплинарное Наказание» приступает к активным действиям в Академии-Сити, противодействовать им вынужден Акселератор. Ему, не считающему себя героем, предстоит использовать свои оставшиеся силы, чтобы противостоять угрозе и защитить город, хотя он внутренне отвергает такую роль.