Семнадцатилетний Шиничи Кудо, известный своими аналитическими способностями, становится свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. После того как его обнаруживают, Шиничи принуждают принять неизвестное вещество, после чего он теряет сознание. Придя в себя, он обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка.
Чтобы скрыться от преследующих его преступников, Шиничи принимает решение обратиться к своей знакомой, Ран Мори. Он селится в её доме под вымышленным именем. Отец Ран, Когоро Мори, является владельцем детективного агентства, что предоставляет Шиничи возможность продолжать расследования, маскируя свою истинную личность и возраст.
Используя свои сохранившиеся интеллектуальные способности и знания, Шиничи тайно помогает в расследовании различных дел, одновременно пытаясь выяснить природу произошедшей с ним трансформации и найти способ вернуть своё прежнее тело. Его деятельность приводит к раскрытию ряда преступлений, при этом он старается не привлекать к себе внимания тех, кто представляет для него угрозу.