Атри: Мои дорогие моменты

После смерти родителей и бабушки молодой человек по имени Икаруга остается один. В наследство он получает старый корабль и подводную лодку. Поскольку ему теперь необходимо самостоятельно обеспечивать себя, эти активы становятся его основным имуществом. Вскоре Икаруга встречает девушку, которая также пытается получить наследство своей покойной бабушки. В её распоряжении имеется только карта с приблизительными координатами возможного местонахождения сокровища.

Икаруга и девушка отправляются на поиски, используя его корабль. Достигнув указанного на карте места, они вместо ожидаемых денег или драгоценностей обнаруживают старинный гроб. Несмотря на разочарование, они принимают решение вскрыть его. Внутри гроба находится девушка, чья внешность и состояние указывают на то, что она является искусственным созданием, похожим на робота. Существо представляется именем Атри.

Атри не помнит ничего о своем прошлом. Икаруга и его спутница берут на себя задачу помочь ей восстановить память и выяснить её происхождение. Этот процесс приводит к серии событий, в ходе которых герои сталкиваются с различными трудностями и открытиями, влияющими на их дальнейшую жизнь.