Детектив Конан: Худший из кошмаров

В полицейский участок Японии проникает неизвестный шпион с целью похищения секретных документов, принадлежащих различным международным спецслужбам. Офицеры общественной безопасности во главе с Тору Амуро прерывают операцию, что вынуждает злоумышленника скрыться на угнанном автомобиле. Погоня перемещается на скоростное шоссе, создавая угрозу масштабного дорожно-транспортного происшествия.

Ситуацию разрешает снайперский выстрел агента ФБР Шуичи Акаи, который выводит из строя машину шпиона. На следующее утро группа посещает недавно открывшийся токийский аквариум, где находит раненую женщину с гетерохромией. Она страдает от полной потери памяти, не помнит своего имени, а её мобильный телефон поврежден и не может служить подсказкой.

Персонажи принимают решение помочь незнакомке восстановить воспоминания и остаются с ней. В это же время за развитием событий с позиции скрытого наблюдения следит член криминальной организации по кличке Вермут, чьи мотивы и дальнейшие действия остаются неясными.